1.导致土壤性状恶化在农田大量施用单元素化肥，其养分不能被作物有效地吸收利用，氮、磷、钾等一些化学物质易被土壤固结，形成各种化学盐分，在土壤中积累，造成土壤养分结构失调，物理性状变差，部分地块有害金属和有害病菌超标，导致土壤性状恶化。
2.导致产品的质量下降偏施某种化肥，导致作物营养失调，体内部分物质转化合成受阻，造成产品的质量降低，如现在的瓜果吃起来不甜，蔬菜吃起来不香，并且容易腐烂，不能存放，其原因都是超标施化肥。
3.导致环境污染由于施入过多的化肥，土壤水溶性养分等物质被雨水和农田灌水淋溶到地下水及河流中，造成部分地区的地下水及河流污染，使地下水、河流、湖泊呈富营养化，导致地下水不好喝，部分河流、湖泊内的鱼虾常发生死亡的现象。
4.导致产收比大一是受耕作栽培水平、作物需肥量等因素所限，作物不能获得很高的产量；二是由于过多地施用单一性的几种肥料，造成营养不平衡，养分失调，只增加成本不增加产量，并造成了低品质的农产品不易销售或价格偏低等，给农民带来了损失。
2.要加强和完善配方施肥中的各项技术措施。在配方施肥过程中要充实完善施肥参数，如单位产量养分吸收量、土壤养分利用率、化肥利用率等，这些参数随生产条件的变化亦在不断改变，在原来化验土壤、植物营养需求的基础上，新增环境条件分析项目（如水质、土壤有害于人体健康的物质含量、化肥农药污染等），来不断充实完善施肥参数，优化配方施肥。
3.要增加有机肥在配方施肥中的比重。有机肥具有养分全、肥效长、无污染的特点，高效有机肥可增加土壤有机质含量，提高土壤蓄水、保肥能力，改善土壤的理化性状和团粒结构，提高农产品的质量。
4.要加大对微肥及生物肥的利用。微肥能平衡作物所需的养分，而生物肥料又能通过自身所含有的微生物分泌生理活性物质，能起到固氮、解磷、解钾、分解土壤中的其它微量养分，提高化肥和有机肥的利用率，改善土壤的理化性状，使土壤能供给作物各种养分，促进作物生长，提高作物产量和产品品质，同时还能分解土壤中的有害化学物质和杀死有害菌群，减少化肥、农药的残留量及有害病菌。
5.要协调大量元素与微量元素之间的关系。人们在配方施肥中，往往重视氮、磷、钾等大量元素的使用，而忽视了微量元素肥料的施用。增施微量元素或喷施微量元素生长剂及复合生物生长剂，都能使养分平衡供应，促进作物体内营养快速转化，减少有害于人体健康的物质的积累，是促使作物抗病、防病并增加产量、提高品质的好方法。
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